すぐ分かる！電子帳簿保存法対応ガイド

令和6年1月1日以後に行う電子取引の取引情報については、令和5年度の税制改正後の要件により保存しなければなりません。

令和６年１月１日前に行った電子取引の取引情報については、令和５年度の税制改正後の要件により保存することは認められません。

従業員が支払先から電子データにより領収書を受領する行為についても、その行為が会社の行為として行われる場合には、会社としての電子取引に該当します。

記憶媒体の種類にかかわらず保存要件は同じであり、外部記憶媒体に限った要件はありません。
電子帳簿保存法では、記憶媒体や保存すべき電磁的記録を限定する規定はないことから、電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存媒体については保存義務者が任意に選択することができることとなります。また、保存要件に関しても記憶媒体ごとに規定されていないことから、いずれの記憶媒体であっても同一の要件が適用されることとなります。なお、実際のデータの保存に際しては、サーバ等で保存していた電磁的記録と外部記憶媒体に保存している電磁的記録は当然に同一のものでなければなりません。このため、必要に応じて電磁的記録の保存に関する責任者を定めるとともに、管理規則を作成し、これを備え付けるなど、管理・保管に万全を期すことが望ましいと考えられます。

変更前のシステムを用いること等により検索機能が確保されているのであれば、現在使用しているシステムにより検索できなくても差し支えありません。

保存されている電磁的記録は、原則として一課税期間を通じて検索をすることができる必要があります。

令和３年度の税制改正により、所得税（源泉徴収に係る所得税を除きます。以下同じです。）及び法人税に係る保存義務者については、令和４年１月１日以後行う電子取引の取引情報に係る電磁的記録を書面やマイクロフィルム（以下「書面等」といいます。）に出力して保存する措置が廃止されましたので、その電磁的記録を一定の要件の下、保存しなければならないこととされました。
一方、消費税に係る保存義務者が行う電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存については、その保存の有無が税額計算に影響を及ぼすことなどを勘案して、令和４年１月１日以後も引き続き、その電磁的記録を書面に出力することにより保存することも認められています。
なお、所得税及び法人税に係る保存義務者について、令和６年１月１日以後に電子取引を行う場合には、授受した電子データについて要件に従って保存をすることができなかったことについて、納税地等の所轄税務署長が相当の理由があると認め、かつ、保存義務者が税務調査等の際に、税務職員からの求めに応じ、その電子データ並びにその電子データを整然とした形式及び明瞭な状態で出力した書面の提示又は提出をすることができるようにしている場合には、その保存時に満たすべき要件にかかわらず電子データの保存が可能ですが、その電子データの保存に代えてその電子データを出力することにより作成した書面による保存をすることは認められませんのでご注意ください。
また、所得税及び法人税に係る保存義務者については、令和4年度の税制改正における「電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存への円滑な移行に向けた宥恕措置」によって、令和3年度の税制改正により廃止された電子取引の取引情報に係る電磁的記録の出力書面等による保存について、令和４年１月１日から令和５年１２月３１日までの間に行う電子取引については、事実上、可能とされています。

規則第４条第１項第４号に規定する「正当な理由がない訂正及び削除の防止に関する事務処理の規程」は、当該規程によって電子取引の取引情報に係る電磁的記録の真実性を確保する観点から必要な措置として要件とされたものです。この規程については、どこまで整備すればデータ改ざん等の不正を防ぐことができるのかについて、事業規模等を踏まえて個々に検討する必要がありますが、必要となる事項を定めた規程としては、例えば、次のようなものが考えられます。なお、規程に沿った運用を行うに当たっては、業務ソフトに内蔵されたワークフロー機能で運用することとしても差し支えありません。

請求書をクラウドサービスにより受領したものと電子メールにより受領したものがある場合のように、同一の請求書を２つの電子取引により受領したときについては、それが同一のものであるのであれば、いずれか一つの電子取引に係る請求書を保存しておけばよいこととなります。

規則第４条第１項第３号に規定する訂正又は削除の履歴の確保の要件を満たしたシステムとは、例えば、① 電磁的記録の記録事項に係る訂正・削除について、物理的にできない仕様とされているシステム② 電磁的記録の記録事項を直接に訂正又は削除を行った場合には、訂正・削除前の電磁的記録の記録事項に係る訂正・削除の内容について、記録・保存を行うとともに、事後に検索・閲覧・出力ができるシステム等が該当するものと考えます。

電子取引により授受した取引データを削除、改ざんするなどして、売上除外や経費の水増しが行われた場合のほか、保存された取引データの内容が事業実態を表していないような場合（架空取引等）も重加算税の加重対象となります。

令和４年１月1日から令和５年12月31日までの間に電子取引を行う場合には、授受した電子データについて要件に従って保存をすることができないことについて、納税地等の所轄税務署長がやむを得ない事情があると認め、かつ、保存義務者が税務調査等の際に、税務職員からの求めに応じ、その電子データを整然とした形式及び明瞭な状態で出力した書面の提示又は提出をすることができる場合には、その保存時に満たすべき要件にかかわらず電子データの保存が可能となり、また、その電子データの保存に代えてその電子データを出力することにより作成した書面による保存をすることも認められます。
令和６年１月１日以後に行う電子取引の取引情報に係る電磁的記録については、その電磁的記録を出力した書面等による保存をもって、当該電磁的記録の保存に代えることはできません。したがって、災害その他やむを得ない事情又は税務署長が相当の理由があると認める事由がなく、その電磁的記録が保存時に満たすべき要件に従って保存されていない場合は、青色申告の承認の取消対象となり得ます。
なお、青色申告の承認の取消しについては、違反の程度等を総合勘案の上、真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められるかどうか等を検討した上、その適用を判断しています。
また、その電磁的記録を要件に従って保存していない場合やその電磁的記録を出力した書面等を保存している場合については、その電磁的記録や書面等は、国税関係書類以外の書類とみなされません。
ただし、その申告内容の適正性については、税務調査において、納税者からの追加的な説明や資料提出、取引先の情報等を総合勘案して確認することとなります。

令和５年度の税制改正において創設された新たな猶予措置の「相当の理由」とは、例えば、その電磁的記録そのものの保存は可能であるものの、保存時に満たすべき要件に従って保存するためのシステム等や社内のワークフローの整備が間に合わない等といった、自己の責めに帰さないとは言い難いような事情も含め、要件に従って電磁的記録の保存を行うための環境が整っていない事情がある場合については、この猶予措置における「相当の理由」があると認められ、保存時に満たすべき要件に従って保存できる環境が整うまでは、そうした保存時に満たすべき要件が不要となります。
ただし、システム等や社内のワークフローの整備が整っており、電子取引の取引情報に係る電磁的記録を保存時に満たすべき要件に従って保存できるにもかかわらず、資金繰りや人手不足等の理由がなく、そうした要件に従って電磁的記録を保存していない場合には、この猶予措置の適用は受けられないことになります（取扱通達7－12）。
なお、この猶予措置の適用を受けるに当たり税務署への事前申請等の手続は必要ありません。

取扱通達7－12に記載されたような事情が継続している限り、「要件に従って保存することができなかったことについて相当の理由がある」と認められ、保存時に満たすべき要件にかかわらず電子データの保存をすることが認められます。
ただし、保存時に満たすべき要件に従って保存するためのシステム等や社内のワークフローの整備が間に合わない等といった事情が解消された後に行う電子取引データの保存については、「要件に従って保存することができなかったことについて相当の理由がある」とは認められませんので、事情が解消された後に行う電子取引については、保存時に満たすべき要件に従った電子データの保存ができるよう準備していただく必要があります。

規則第2条第2項第2号において、電磁的記録の画面及び書面への出力は「整然とした形式及び明瞭な状態で、速やかに出力することができる」必要があると規定されており、規則第4条第3項の規定における「整然とした形式及び明瞭な状態で出力された書面」についても、同号における「整然とした形式及び明瞭な状態」と同様に、書面により作成された場合に準じた規則性を有する形式で出力され、かつ、出力された文字を容易に識別することができる状態をいいます。
また、「保存義務者が国税に関する法律の規定による当該電磁的記録及び当該電磁的記録を出力することにより作成した書面…の提示若しくは提出の要求に応じることができるようにしている」については、税務調査等の際に、税務職員の求めに応じ、電子データ及びその電子データを出力することにより作成した書面の提示又は提出（以下「提示等」といいます。）をしていただく必要があります。
なお、猶予措置の適用を受ける際の出力書面の整理方法については、法令上特段の規定はされていませんが、税務職員の求めに応じて提示等をしていただく必要がある書面については、その提示等を遅滞なく行っていただく必要があることを踏まえれば、例えば書面で保存している国税関係書類と同様に整理する方法で整理しておく等、税務職員の求めに応じて遅滞なく提示等ができるように、適切に管理しておくことが望ましいと考えられます。